Ce document au format OpenOffice bios_process.odt) a pour but de vous guider dans la mise à disposition de données d'expression via un noeud du réseau BIOS (http://bios.toulouse.inra.fr).
Les differents chapitres détaillent l'ensemble des operations à réaliser de la récupération de données dans les banques publiques jusqu'à la population de l'entrepot de données BIOS en passant par les étapes de clustering et d'annotation.
Ce document s'appuie sur un exemple concret qui est l'analyse des données publiques d'expression de Brachypodium distachyon .
Pré-requis
- installation de la derniere version du Compendium (http://lipm-bioinfo.toulouse.inra.fr/download/compendium/) , incluant tgicl++ (clustering) et FrameDP (prédiction de peptides). La documentation du Compendium est disponible ici au format OpenOffice http://lipm-bioinfo.toulouse.inra.fr/download/compendium/documentation.odt
N.B.: Les donnees fournies avec le compendium (BRADI.fasta) sont les données que le tutoriel BIOS vous amene a construire. Donc il n'est pas necessaire de tester le Compendium seul, mais plutot de le tester dans le cadre du tutoriel BIOS complet decrit ici bios_process.odt. Ainsi toutes les étapes seront validées, Compendium compris
