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simon

Infos administratives :


nom=Simon prenom=Adeline matricule=14609E corps_grade=IE2 departement=SPE unite=BIOGER-CPP unite_type=UMR1290 INRA/INA-PG unite_date_creation=2007 unite_date_evaluation=la 1ere evaluation aura lieu en 2008 unite_directeur=Marc-Henri Lebrun emploi_type_drh=A3B03 emploi_type_referens=E2B22 fonctions=Responsable du développement et de la mise en oeuvre d'outils informatiques pour l'exploitation, l'analyse et/ou la gestion de données génomiques du champignon phytopathogène Botrytis cinerea. pfi_type= pfi_quotite= pfi_mode=

Informations pour la creation du CATI :


Equipes bioinfo avec lesquels je collabore : —URGI GAP Versailles INRA, Joëlle Amselem, projet annotation du génome de Botrytis cinerea ; mon rôle : gestion de la validation/correction de l’annotation structurale. —Equipe URGI, insertion des données transcriptomiques dans la base de données GnpArray ; mon rôle : participation au cahier des charges de la base de données (un peu vieux), mais avec les données Nimblegen qui vont arriver, je vais ré-utiliser la base et pointer les besoins d’évolution de la base et interface et les besoins de lien avec les données génomiques (chado/gbrowse) —Participation au projet ANR GnpAnnot (Plate-forme d’annotation structurale, fonctionnelle et comparative dédiée aux génomes de plantes et de leurs bioagresseurs) (8 équipes partenaires ; 34 participants dont Fabrice Legeai et Jean-Pierre Gauthier) —Inra Nancy Annegret Kohler + Bayer Lyon Anne Lappartient : analyse des données Nimblegen ; mon rôle : tisser un réseau pour l’analyse des puces Nimblegen

Equipes biologistes : —Equipe Analyse du Génome de Botrytis cinerea (BIOGER-CPP) SPE INRA Versailles ; mon rôle dans l’équipe : responsable du développement et de la mise en oeuvre d'outils informatiques pour l'exploitation, l'analyse et/ou la gestion des données génomiques (expression, mutagenese).

Les utilisateurs de mes ressources : —Equipe Analyse du Génome de Botrytis cinerea (BIOGER-CPP) SPE INRA Versailles

Les ressources et produits proposés, services informatiques offerts aux utilisateurs : —3 BD + 3 interfaces web sur serveur Linux que j’administre. (Nom des bases : BcGnpArray, BcMutants, BcSeq) Les utilisateurs n'ont pas de compte sur le serveur, ils ont seulemnt accès aux interfaces web. Les 3 sites web sont internes (ouverts à l'unité, filtrage par adresse IP). Je ne propose pas de sites web ouverts à l'extérieur (la mise à disposition publique ou pour une communauté + large que le labo est confiée à l’URGI) Les interfaces web permettent d’interroger les BD et d'effectuer des calculs (en R).

Types de données gérées sur mon système : —Expression (transcriptome) —Mutagenèse dirigée et phénotypes associés —Quelques séquences

Espèces principales concernées : —Botrytis cinerea

Outils de développement (systèmes, BD, langages) : —Système Linux —SGBD postgresql —Langages python, R, perl —Cgi pour le web (CGIWithR pour cgi R et cheetah pour cgi python)

Formations suivies : –Linux administrateur Université Lille 2006 –Langage perl et bioperl Fabrice Legeai 2007 –Introduction à EuGene Jérôme Gouzy 2008

simon.txt · Last modified: 2008/06/10 15:38 by gouzy