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installation_du_serveur_bios

Installation du serveur bios

  • Ce document décrit la procedure d'installation d'un serveur BIOS avec comme pre-requis la machine virtuelle dédiée installée (cf . installation_du_serveur_xen)
  • Connectez-vous sur la machine bios (Il faut être root pour executer cette installation. )
  • Téléchargez et envoyez sur la machine bios par scp le fichier bios-mysql_install.sh.gz puis:
    gunzip bios-mysql_install.sh.gz
    bash bios-mysql_install.sh bios.quelquepart.inra.fr smtp.quelquepart.inra.fr votre.mail@quelquepart.inra.fr
  • Entrer comme indiqué ci-dessus le nom complet du serveur bios, le serveur smtp de votre campus, et l'adresse mail de la personne responsable des web_services
    • Le script va créer un utilisateur bios et vous demandera son mot de passe.
    • Par ailleurs, le programme d'installation de mysql vous demandera le mot de passe de root de mysql, et le script vous redemandera ultérieurement ce mot de passe: vous aurez donc à le taper 3 fois :-/
    • Restez zen: certaines installations sont un peu longues (jusqu'à plusieurs minutes lorsqu'il y a des tas de modules perl à installer par le cpan), donc si ça a l'air de se figer attendez un peu avant de couper le courant.;-)
  • Normalement il ne devrait y avoir aucun message rouge
  • Pour vérifier que tout va bien:
    1. pointer un navigateur web sur http://bios.quelquepart.inra.fr/playmoby/cgi/index.cgi : un page similaire a http://bios.toulouse.inra.fr/playmoby/cgi/index.cgi doit s'afficher
    2. bios.quelquepart.inra.fr devrait apparaître sur la page http://bios.toulouse.inra.fr/?__wb_function=BIOSProviders
    3. pointer le navigateur sur http://bios.quelquepart.inra.fr/playmoby/services/inra_monitoring.xml: Tout doit être vert ! (9 webservices de base installés et testés)

Que fait le script d'installation ?

Le script bios-SGBD_install.sh effectue les tâches suivantes:

Dans le cas d'une premiere installation :

  1. creation de /www-bios
  2. creation de l'utilisateur bios et du groupe bios (mot de passe libre)
  3. modification du fichier /etc/hosts pour rajouter le nom de serveur avec nom de domaine
  4. installation et tuning du server de base de donnees
  5. import du schema de la base et creation d'un utilisateur bios_superuser (mot de passe commun dans le script d'install; vous pouvez le modifier mais il faut alors modifier egalement le fichier /www-bios/site/cfg/bios.cfg)
  6. installation et tuning du server apache2 (fichier de conf /etc/apache2/sites-available/bios.conf)
  7. installation de toutes les librairies et modules Perl necessaires a BIOS
  8. installation et tunning de BIOS a partir du SVN du LIPM
  9. test d'import de donnees dans le repository (deux librairies pour la meme espece “Homo gascon gersus”)
  10. creation et execution des webservices de base (BIOSGetSpecies, BIOSGetLibrariesFromSpecies, BIOSGetSequencesFrom*, BIOSGet*RawExpression …)
  11. creation du fichier crontab pour ajouter la surveillance des webservices a 2:00am
  12. changement du proprietaire de /www-bios (de root a bios.bios)
  13. envoie d'un mail pour signaler la creation d'un nouveau serveur BIOS
  14. execution de la surveillance des webservices

Dans le cas d'une re-installation :

  1. suppression des donnees de test (library et read) de la base de donnees
  2. desenregistrement des web-services deja presents sur la machine dans le cas d'une re-installation
  3. installation et tunning de BIOS a partir du SVN du LIPM
  4. test d'import de donnees dans le repository (deux librairies pour la meme espece “Homo gascon gersus”)
  5. creation et execution des webservices de base (BIOSGetSpecies, BIOSGetLibrariesFromSpecies, BIOSGetSequencesFrom*, BIOSGetRawExpression)
  6. creation du fichier crontab pour ajouter la surveillance des webservices a 2:00am
  7. changement du proprietaire de /www-bios (de root a bios.bios)
  8. envoie d'un mail pour signaler la creation d'un nouveau serveur BIOS
  9. execution de la surveillance des webservices

Script de désinstallation

  • A télécharger et faire tourner pour désenregistrer les webservices avant de casser la machine: bios_uninstall.sh.gz

Script de suppression des webservices en cas de mauvaise manip (réservé à un public d'initié)

  • A télécharger et faire tourner juste avant d'acheter la corde pour se pendre: bios_removews.sh.gz

Sébastien Carrère 2009/08/14 13:06 Internal Link

installation_du_serveur_bios.txt · Last modified: 2011/02/02 14:18 by carrere