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benchabl454v1

Data

Seuils

Comme, c'est plus court que ce que je pensais/disais on prend les parametres classiques cad pourcentage identité=97 sur un chevauchement de 40 nt

Mesures

Faisabilité: en combien de temps (specification des processeurs cat /proc/cpuinfo)

Qualité: 1) prédiction des peptides avec FrameDP 2) blastp vs TAIR8 3) comptage du nombre de peptides ayant un hit sur plus de 80% la longueur avec TAIR.

StackPack (Bordeaux)

TGICL (Toulouse)

Planning

On essaye de le faire d'ici fin mars.

benchabl454v1.txt · Last modified: 2009/03/18 18:12 by carrere